Trường hợp có thu nhập từ tiền lương, tiền công từ hai nơi trở lên, thì nộp hồ sơ quyết toán tại một cơ quan thuế nơi cá nhân đăng ký giảm trừ gia cảnh hoặc tại cơ quan thuế cá nhân đăng ký quản lý. Với cá nhân kinh doanh, nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế là chi cục thuế trực tiếp quản lý. Đối với cá nhân, nhóm cá nhân kinh doanh có từ hai địa điểm kinh doanh trở lên thì nộp hồ sơ quyết toán thuế tại chi cục thuế nơi cá nhân đăng ký giảm trừ gia cảnh. Trường hợp cá nhân vừa có thu nhập từ tiền lương, tiền công, vừa có thu nhập từ kinh doanh, nộp hồ sơ quyết toán thuế tại chi cục thuế nơi cá nhân sản xuất, kinh doanh…

Hiện tại, Cục Thuế TP Hà Nội đang khẩn trương chuẩn bị tập huấn cho các đơn vị chi trả thu nhập trên địa bàn về việc nộp quyết toán thuế TNCN năm 2009. Để tạo thuận lợi cho người dân và doanh nghiệp, Cục sẽ ứng dụng phần mềm chuyên dụng, giúp các đơn vị chi trả thu nhập quyết toán thuế và đăng ký mã số thuế TNCN.