Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã bãi bỏ, chấn chỉnh một số thủ tục hành chính thuế thuộc thẩm quyền của cục gồm: Bãi bỏ văn bản số 1055/CT-NV ngày 10/02/1999 của Cục thuế TP về việc đăng ký hợp đồng xây dựng với cơ quan thuế trực tiếp quản lý. NNT có hoạt động thi công xây dựng trên địa bàn TP.Hồ Chí Minh không phải đăng ký hợp đồng thi công xây dựng với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

Chấn chỉnh việc yêu cầu NNT phải nộp hồ sơ khai thuế nhiều hơn theo quy định (3 bộ…): NNT khi nộp hồ sơ khai thuế bằng giấy cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý chỉ lập 2 bộ hồ sơ khai thuế (1 bộ nộp cho cơ quan thuế, 1 bộ lưu tại doanh nghiệp) có đóng dấu ngày nộp hồ sơ khai thuế. NNT nộp hồ sơ khai thuế bằng giấy trực tiếp cho cơ quan thuế sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai thuế do Tổng Cục Thuế cung cấp miễn phí. Trường hợp phần mềm hỗ trợ kê khai thuế do Tổng Cục Thuế bị lỗi, thì NNT thiết kế mẫu biểu theo quy định để lập và nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế .

Cơ quan thuế không được yêu cầu NNT ngoài việc lập hồ sơ khai thuế sử dụng phần mềm hỗ trợ khai thuế của Tổng Cục Thuế phải nộp bổ sung hổ sơ khai thuế sử dụng phần mềm P2D.

Thủ tục khóa mã số thuế đối với doanh nghiệp làm thủ tục giải thể: Căn cứ Điều 158 Luật Doanh nghiệp có hiệu lực thi hành từ năm 2006, quy định về thủ tục giải thể doanh nghiệp, thì: Trong thời hạn bảy ngày làm việc kể từ ngày thông qua, quyết định giải thể phải được gửi đến cơ quan đăng ký kinh doanh, tất cả các chủ nợ, người có quyền, nghĩa vụ và lợi ích liên quan, người lao động trong doanh nghiệp.

Quyết định giải thể doanh nghiệp phải có các nội dung chủ yếu sau đây: Tên, địa chỉ trụ sở chính của doanh nghiệp; Lý do giải thể; Thời hạn, thủ tục thanh lý hợp đồng và thanh toán các khoản nợ của doanh nghiệp; thời hạn thanh toán nợ, thanh lý hợp đồng không được vượt quá sáu tháng, kể từ ngày thông qua quyết định giải thể; Phương án xử lý các nghĩa vụ phát sinh từ hợp đồng lao động; Họ, tên, chữ ký của người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp.

Trong thời hạn bảy ngày làm việc kể từ ngày thanh toán hết các khoản nợ của doanh nghiệp, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp phải gửi hồ sơ giải thể doanh nghiệp đến cơ quan đăng ký kinh doanh. Trong thời hạn bảy ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan đăng ký kinh doanh xoá tên doanh nghiệp trong sổ đăng ký kinh doanh.

Căn cứ điểm 3.1 mục II phần II Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/07/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Quản lý về đăng ký thuế quy định về hồ sơ chấm dứt hiệu lực của MST đối với doanh nghiệp thì: “Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế gồm: Giấy chứng nhận đăng ký thuế (bản gốc). Quyết định giải thể doanh nghiệp hoặc Quyết định mở thủ tục giải quyết yêu cầu tuyên bố phá sản doanh nghiệp hoặc Thông báo chấm dứt hoạt động kinh doanh của cá nhân, hộ kinh doanh. Trong thời hạn 5 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan Thuế phải thực hiện thông báo doanhnghiệp ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.”

Căn cứ điểm 3.6 mục I Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thì “Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế đối với trường hợp chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp hoặc tổ chức lại doanh nghiệp là ngày thứ bốn mươi lăm, kể từ ngày phát sinh trường hợp đó”

Đối chiếu theo các quy định nêu trên, trường hợp NNT có quyết định giải thể nếu nộp hồ sơ đầy đủ và hợp lệ cho cơ quan thuế theo quy định thì thời hạn làm thủ tục chấm dứt hiệu lực của MST của NNT được thực hiện như sau: Trường hợp NNT không cần phải kiểm tra quyết toán thuế (doanh nghiệp kể từ khi thành lập đến lúc giải thể chưa phát sinh doanh thu, chưa được mua hóa đơn) thì trong vòng 7 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo NNT ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, Cơ quan thuế có thông báo chấm dứt hiệu lực của MST để NNT làm thủ tục giải thể doanh nghiệp tại cơ quan cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Trường hợp NNT cần phải kiểm tra quyết toán thuế trước khi làm thủ tục chấm dứt hiệu lực của MST thì trong thời hạn 3 tháng kể từ ngày có thông báo doanhnghiệp ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế phải có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở NNT để thông báo cho NNT và trong vòng 5 ngày làm việc kể từ ngày NNT đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo các quyết định xử lý truy thu và xử phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có), Cơ quan thuế có thông báo chấm dứt hiệu lực của MST để NNT làm thủ tục giải thể doanh nghiệp tại cơ quan cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh

Đơn giản thủ tục hành chính về trình tự thủ tục chuyển quản lý thuế và thủ tục mua hóa đơn đối với NNT chuyển địa điểm kinh doanh: Chậm nhất trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế chứng nhận doanh nghiệp thay đổi trụ sở kinh doanh chính, NNT có văn bản thông báo cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý để tiến hành làm thủ tục hủy hóa đơn cũ để mua lại hóa đơn mới ghi địa chỉ mới (thủ tục hủy và mua được tiến hành trong cùng 1 ngày)

Trường hợp NNT đăng ký sử dụng hóa đơn tự in, nếu số lượng hóa đơn tự in chưa sử dụng còn quá nhiều, muốn tiếp tục sử dụng hóa đơn đã in (để tránh lãng phí và do chưa in kịp hóa đơn ghi địa chỉ mới ) thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý đề nghị tiếp tục sử dụng hóa đơn đã in với số lượng, quyền chưa sử dụng hết. Khi sử dụng hóa đơn tại địa chỉ mới phải đóng thêm dấu hình chữ nhật tên Cơ sở kinh doanh và địa chỉ mới tại phần tên Công ty và địa chỉ đã ghi trên hóa đơn. NNT không phải làm thủ tục thanh hủy hóa đơn còn chưa sử dụng ghi địa chỉ cũ.

Sau khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế chứng nhận doanh nghiệp thay đổi trụ sở kinh doanh chính, NNT có văn bản thông báo đến cơ quan thuế nơi chuyển đi và cơ quan thuế nơi chuyển đến biết việc thay đổi trụ sở.

Có thu nhập chịu thuế từ tiền lương tiền công từ nhiều nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân trực tiếp với cơ quan thuế: Căn cứ Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/09/2008, Thông tư số 20/2010/TT-BTC ngày 05/02/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNCN

Hồ sơ quyết toán thuế đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công gồm có:

- Tờ khai quyết toán thuế theo mẫu số 09/KK-TNCN, phụ lục theo mẫu số 09A/PL-TNCN , phụ lục theo mẫu số 09C/PL-TNCN (nếu có đăng ký giảm trừ gia cảnh).

- Các chứng từ chứng minh số thuế đã khấu trừ, đã tạm nộp trong kỳ, việc kê khai căn cứ các chứng từ khấu trừ thuế do đơn vị chi trả cấp.

- Trường hợp nhận thu nhập từ các tổ chức quốc tế, Đại sứ quán, Lãnh sự quán và nhận thu nhập từ nước ngoài phải có tài liệu chứng minh hoặc xác nhận về số tiền đã trả của đơn vị, tổ chức trả thu nhập ở nước ngoài và kèm theo thư xác nhận thu nhập năm theo mẫu số 20/TXN-TNCN

Như vậy, NNT khi nộp hồ sơ quyết toán thuế TNCN chỉ nộp hồ sơ theo đúng quy định trên, không phải nộp thêm bất cứ hồ sơ thuế khác như: giấy xác nhận thu nhập của đơn vị chi trả thu nhập hoặc chứng từ nộp phí bảo hiểm xã hội.

Quyết định chậm nộp tiền thuế đối với số tiền phạt quá nhỏ (dưới 100.000 đồng): Đối với trường hợp này, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minhkhông ban hành Quyết định mà chỉ có Thông báo về việc điều chỉnh số tiền phạt nộp chậm của NNT theo mẫu số 17/QTr-KK&KTT ban hành kèm theo Quyết định số 422/QĐ-TCT ngày 22/04/2008 của Tổng Cục Thuế. Thông báo này là cơ sở để NNT điều chỉnh lại số tiền tính phạt nộp chậm trên hồ sơ kê khai bổ sung điều chỉnh đã tính sai hoặc Thông báo phạt nộp chậm trước đây Cục Thuế đã ra thông báo sai. Do đó, trường hợp NNT phải nộp thêm và số tiền thuế quá nhỏ thì có thể nộp chung với các loại thuế khác hoặc tiền phạt khác nếu có (từ dưới 100.000 đồng) phát sinh đến hạn phải nộp

Quy trình thủ tục thuế, chính sách thuế thuộc thẩm quyền của Trung ương: Căn cứ chiến lược cải cách hệ thống thuế của Bộ Tài chính - Tổng Cục thuế; nhằm tạo thuận lợi cho NNT trong quá trình thực hiện hồ sơ thủ tục thuế, Cục Thuế TP ghi nhận, tiếp thu và đã có văn bản báo cáo Tổng Cục Thuế để xem xét, sửa đổi cho phù hợp .

Riêng về kiến nghị phần mềm hỗ trợ kê khai thuế khi kê khai quyết toán thuế TNCN đối với đơn vị chi trả thu nhập trên hồ sơ kê khai theo mẫu 05/KK-TNCN, bảng kê 05A/BK-TNCN và bảng kê 05B/BK-TNCN không chấp nhận cho phép kê khai nhập từ file dữ liệu đối với đơn vị chi trả có số lao động từ 3000 trở lên, Tổng Cục Thuế đã ghi nhận và đã khắc phục lỗi này trên phần mềm hỗ trợ kê khai thuế tại phiên bản 2.5.2 và phần mềm hỗ trợ quyết toán thuế TNCN tại phiên bản 1.2.0.